16 yıl cezaevinde kaldıktan sonra 22 Temmuz 2014’te yeniden yargılama kararı verilerek serbest bırakılan Kumandan Salih Mirzabeyoğlu’nun yargılanmasının yenilenmesi çerçevesinde görülen davanın ikinci duruşması gerçekleştirildi. 7 Ocak Perşembe günü Çağlayan Adliyesi’ndeki İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi’nde görülen duruşmaya Kumandan Salih Mirzabeyoğlu da katıldı. Alâkanın yüksek olması sebebiyle duruşma, 14. Ağır Ceza’nın kendi salonundan alınarak İstanbul Adalet Sarayı’nın en büyük salonunda, görüntülü ve sesli kayıtla gerçekleştirildi. 
“Beni İBDA’dan İçeri Alanların İBDA’dan Haberi Yok”
Duruşmada, mahkeme başkanı Canel Rüzgar’ın, daha önce savunma yaptığını hatırlattığı ve beyanının olup olmadığını sorduğu Salih Mirzabeyoğlu, hukukun kullanana hizmet eden bir alete dönüştüğünü belirterek “Beni İBDA’cı diye içeri alıyorlar. Beni alanların İBDA’dan haberi yok. İBDA demek, benzersiz oluş demektir. Kendinden zuhurdur” dedi.
Mirzabeyoğlu, o dönem İstanbul Emniyet Müdürlüğü Asayiş Büro Amirliği’nde kendisine, “Açıkça konuşalım, sen suçlamaları kabul edeceksin çünkü yukarıdan bastırıyorlar” denildiğini, kendisinin de, “madem hüküm var, benim burada ne işim var?” şeklinde bir ifade kullandığını belirtti. Telegramcıların sürekli şubede başından geçenleri ve polislerin kendisi hakkındaki kanaatlerini aktardığını ifade eden Mirzabeyoğlu “madem telegramcılara bu kayıtlar verilmiş, ben de bu kayıtların mahkeme tarafından emniyetten istenmesini taleb ediyorum. Orada kimin ne söylediği ayan beyan ortaya çıkacaktır.” dedi.
“Cephe, Partilerin Faaliyet Kolu Gibidir”
Cephe meselesini “lider olarak görüldüğüm için şahısların yaptığı eylemlerden sorumlu tutuldum. Nasıl ki parti teşkilatlarına üye olanların yaptıklarından parti liderleri sorumlu olmazsa, ben de sorumlu sayılamam. Cephe, partilerin, teşkilatların faaliyet kolu gibidir. Nasıl bir binanın farklı cepheleri varsa ve her biri muhatab olduğu mekana nazaran farklılık gösteriyorsa, İBDA Cepheleri de İbda fikrinin farklı sahalarda temayüz etmesidir. Böyle toptan nasıl örgüt sayılabilir? İBDA bir fikirdir. Bunları hep açıkladım.” diyerek izah eden Mirzabeyoğlu, suçun şahsiliği ilkesinden dem vurdu. Mahkeme başkanının “Cepheler silahlı ve bombalı eylemleri yaparken ‘gerekeni gerektiği yerde yap’ sözünüzden etkilenmiyorlar mı?” şeklindeki sorusuna, “İslâm devleti ve fikrinin ilhamını hukuk fakültesinden aldım, bu mantıkla hukuk fakültesindeki hocalarım da suçludur” şeklinde cevap verdi.
Mirzabeyoğlu, kendisine Kumandan denilmesine ise “Kumandan bir lakaptır. Benim koymadığım ve Necip Fazıl’ın da bilip tasdik ettiği lakabımdır” dedi. “Nasıl bir eğitim ordusundan veya sağlık ordusundan bahsediliyor ve bunlara nezaret eden en üst merciye, mesela eğitim bakanına ‘eğitim ordusunun kumandanı” dendiğinde kimse rahatsız olmuyorsa, benim de vaziyetim aynıdır” diyerek sözlerini sürdüren Salih Mirzabeyoğlu şunları ekledi: “Süleyman Demirel çocuğu olmadığı halde ‘baba’ lakabıyla anılırdı. Veya bir insana ‘müdür ne yaptın o işi vs’ dersin. Halbuki müdür, ‘idare eden’ demektir. Yani o kişi gerçekte müdür falan değildir. Ya da abi dersin, senin abin olmadığı halde.”  Ayrıca kendisine uygulanan telegram işkencesinin %85 azalmış olmasına mukabil hâlâ devam ettiğini de belirtti.
Üye hakimin “1991’e kadar cephe faaliyetlerine müdahildim. O tarihten sonra karışmadım” şeklinde polis ifadesinin bulunduğunu belirtip “bu ifadeye ne diyorsunuz? Hiçbir örgütün kurulması talimatını verdiniz mi?” sorusuna şubede böyle bir ifadesinin olmadığını söyledi. Hatta telegramcıların kendisine ilk telegram operasyonunun, nisbeten iptidai bir biçimde 1999’da Emniyet’te yapıldığını söylediklerini aktaran Salih Mirzabeyoğlu yine görsel kayıtların emniyetten istenmesini taleb etti.
Kendisinin bir fikir adamı olduğunu belirten Mirzabeyoğlu şunları söyledi: “Ben bıçak yaparım; isteyen onunla alır ekmek keser, isteyen de adam. Nasıl bıçak yapan, o bıçakla işlenen suçların zanlısı olamazsa, ben de aynı şekilde fikirlerimden etkilenenlerin yaptıklarından sorumlu tutulamam.”
“Mirzabeyoğlu’nu Öldürmek İçin İçlerine Sızdım”
Duruşmada ayrıca tanıklar da dinlendi. Tanık olarak dinlenen Ali Osman Zor, kendisine Mirzabeyoğlu’nun hiçbir eylem vs. için talimat vermediğini, zaten kendisinin de tutuklandığı tarihlerde yayıncılık işiyle uğraştığını ve sırf bu yüzden tutuklandığını söyledi. Mehmet Tarakçı, Salih Mirzabeyoğlu’nun yayıncısı olduğunu, hep okuyup yazan öyle kimseyle görüşen birisi olmadığını ifade etti. Bilhassa da 1991 senesinden sonra yakın çevresi ve yayıncısı olarak kendisi dışında kimse ile görüşmediğini söyledi.
“Dost Tarikatı” lideri İhsan Güven’i öldürmekten hüküm giydiği davadan iadei muhakeme kararıyla tahliye edilen Burak Çileli de benzer şekilde şahitlik yaptı ve mahkeme başkanının “Salih Mirzabeyoğlu’na niçin kumandan diyorlar?” sorusuna şu şekilde cevap verdi: “Mirzabeyoğlu’nun ‘Kumandan’ diye çağrılmasının sebebi, ‘emir’ kelimesinin karşılığı olmasıdır. Nakşibendi silsilesinin 33. Halkası Abdülhakim Arvasi ile nisbeti olan İbda Mimarı’nın onun taşıdığı ‘likülli emrin fehim’ vasfındaki “emir” tabirini ‘kumandan’ namıyla taşımaktadır.”
Yeni Akit Gazetesi’nden Murat Alan da Mirzabeyoğlu davasında görev yapan hâkimler ile yapmış olduğu mülâkatlarda, hâkimlerin “hata yapmış olabiliriz” dediklerini ifade etti.
28 Şubat’ın jandarma muhbiri olarak Metris Cezaevi’ne yerleştirildiğini söyleyen Okan İşgör de “Salih Mirzabeyoğlu’nu öldürmek için içlerine sızdım. Ona yakın olmak için birlikte tutuklandık” dedi.
Jandarmaya haber elemanı olarak görev yaptığını ifade eden İşgör’e mahkeme başkanı Canel Rüzgar, “İBDA-C’ye sızarak Salih Mirzabeyoğlu’nu öldürmekle görevlendirildiğin doğru mu” diye sordu. İşgör, ”Resmi olarak böyle bir görev verilmedi” deyince başkan Rüzgar, “Zaten böyle bir görev resmi olarak verilmez, jandarma ‘adam öldür’ diye görev vermez” ifadesini kullandı.
Mahkeme başkanı daha sonra “Bu söylediklerin doğru mu? Böyle bir görev üstlendin mi” diye sordu. İşgör, “Evet, doğru. Bütün ifadelerim doğru ancak can güvenliğim nedeniyle burada başka bir şey söylemek istemiyorum” yanıtını verdi. İBDA-C’ye sızdığını ve Mirzabeyoğlu’na yakın olabilmek için cezaevine de girip 4,5 ay aynı koğuşta kaldıklarını anlatan İşgör, 17 Aralık 2008 itibariyle jandarma ile ilişiğinin kesildiğini ve Ergenekon’dan tutuklandığını söyledi.
O dönem cezaevinde olan İBDA-C tutuklularının Mirzabeyoğlu’nu hiç tanımadığını belirten İşgör, “Onunla hiçbir irtibatları olmayan, sadece kitaplarını okudukları ve fikirlerini benimsedikleri için tutuklanan kişilerdi veya o dönem DGM önüne gelip Mirzabeyoğlu’nun tutuklanmasını protesto eden kişilerdi” ifadesini kullandı.
Yurtdışına Çıkış Yasağı Kaldırıldı
Duruşmada beyanı sorulan Mirzabeyoğlu’nun avukatı Hasan Ölçer, müvekkilinin geçici de olsa yurt dışına çıkış yasağının kaldırılmasını talep etti. 
Ara kararını açıklayan mahkeme heyeti, Mirzabeyoğlu hakkında çıkarılan yurtdışına çıkış yasağının savunması alındığı için kaldırılmasına karar verdi.
Mirzabeyoğlu’nun duruşmalara gelme zorunluluğunu da kaldıran heyet, duruşmayı 17 Şubat’a erteledi.
Duruşmanın ardından, basın mensuplarının “Yargılamadan nasıl bir sonuç bekliyorsunuz?” sorusuna, Salih Mirzabeyoğlu, “iyi bir şey olacağını zannediyorum. Adalet herkes içindir. Bunu da adaletin ne demek olduğunu çok iyi bilerek söylüyorum. Bu mevzudaki herkesi alakadar eden bir şey söylüyorum.  Ayrıca şunu da eklemek istiyorum: Af müessesesini ele alın... Sırasında af, bizzat affedenlerin affını getiren bir hadisedir. Bizim yaptığımız şeyi biliyorsunuz, Adalet mutlak’a... Bu da Adalet mutlak’anın içinde ele alınması gereken basit bir hikmet” diye konuştu.